Sejarah awal UIN Prof. KH. Saifuddin Zuhri bermula dari pengembangan Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (1964-1994), Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo Semarang (1994-1997) yang berkedudukan di Purwokerto. dan berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwokerto (1997-2014). Selanjutnya beralih status menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Purwokerto (2014-2021). Pada tanggal 11 Mei 2021 beralih status menjadi Universitas Islam Negeri Profesor Kiai Haji Saifuddin Zuhri Purwokerto.

Secara embrional, UIN Prof. KH. Saifuddin Zuhri diilhami oleh pidato Menteri Agama RI, Prof. K.H. Saifuddin Zuhri, saat peresmian Sekolah Persiapan (SP) IAIN (sekarang menjadi MAN 1) yang antara lain mengharapkan kepada para pendiri SP IAIN agar usaha pendidikan formal tidak berhenti sampai tingkat Aliyah (SLTA) saja. Akan tetapi, pendidikan formal tersebut dilanjutkan dengan usaha mendirikan fakultas-fakultas agama, yang pada saatnya dapat dimasukkan ke dalam Institut Agama Islam Negeri (Al-Djami’ah Al-Islamiyah Al-Hukumiyah) Yogyakarta, sehingga dapat memberi kesempatan belajar lebih lanjut kepada lulusan SP IAIN khususnya, dan SLTA pada umumnya.

Ajakan Menteri Agama RI tersebut kemudian disambut oleh K.H. Muslich, yang ketika itu, selain sebagai ketua Yayasan Al-Hidayah, Pendiri SP IAIN, juga anggota DPRGR, Anggota MPRS, serta anggota Dewan Perancang Nasional, dengan mengajak tokoh-tokoh muslim Banyumas lainnya, antara lain: H.O.S. Noto Soewiryo (Kepala Pengawas Urusan Agama Karesidenan Purwokerto); Drs. Muzayyin Arifin (Ketua SP IAIN Pur­wokerto); K.H. Muchlis (Penghulu pada Kantor Urusan Agama di Purwokerto), dan Muhammad Hadjid (seorang pengusaha di Purwokerto) untuk mendirikan Badan Wakaf Al-Djami’ah Sunan Kalijaga. Tugas utama badan wakaf ini adalah mendirikan lembaga pendidikan tinggi agama di Purwokerto dengan segera.

Usaha keras Badan Wakaf yang diketuai oleh K.H. Muslich tersebut mem­peroleh simpati dan dukungan dari masyarakat luas. Oleh karenanya, pada 10 November 1962, Badan Wakaf Al-Djami’ah Sunan Kalijaga mendirikan Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga. Kemudian, pada tahun itu pula, 12 Desember 1962, Badan wakaf Al-Djami’ah Sunan Kalijaga secara resmi diakte-notariskan sebagai badan hukum yang mendirikan dan mengelola fakultas tersebut.

Setelah hampir dua tahun Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga Purwokerto berjalan, para pendiri yang dibantu para Residen Banyumas, melalui Rektor IAIN Al-Djamiah Al-Hukumiyah Yogyakarta mengusulkan kepada Menteri Agama agar Fakultas Tarbiyah Al-Dja­mi’ah Sunan Kalijaga Purwokerto dinegerikan.

Akhirnya, dengan Keputusan Menteri Agama Nomor 68 Tahun 1964 Tanggal 9 September 1964, Fakultas tersebut dine­gerikan dan menginduk kepada IAIN Al-Djami’ah Al-Hukumiyah Yogyakarta, yang kemudian berubah namanya men­jadi IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Serah terima penegerian Fakultas Tarbiyah Purwokerto sekaligus penggabungannya dengan IAIN Sunan Kalijaga dilakukan pada 3 Nopember 1964. Sejak saat itu, Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga Purwokerto resmi menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta di Purwokerto.

Selanjutnya, atas dasar pertimbangan geografis dan efisiensi pembinaan teknis kewilayahan berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 385 Tahun 1993, Nomor 394 Tahun 1993, dan Nomor 408 Tahun 1993, Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta di Purwokerto dilim­pahkan dari IAIN Sunan Kalijaga Yogya­karta kepada IAIN Walisongo Semarang. Serah terima pengindukan dari IAIN Sunan Kalijaga kepada IAIN Walisongo itu baru bisa dilaksanakan pada 13 Desember 1994. Sejak saat itu, Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Purwokerto berubah menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto.

Kemudian, dengan Keputusan Pre­siden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri pada 21 Maret 1997, maka Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwo­kerto, sebagai perguruan tinggi yang mandiri untuk meningkatkan efisiensi, efektivitas, dan kualitas.

Perubahan status dari Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwokerto ini memberi otonomi yang besar dan peluang yang banyak untuk me­ngembangkan potensi yang dimiliki STAIN Purwokerto sesuai dengan ke­butuhan masya­rakat dan potensi civitas aka­demika, dengan cara mem­buka Ju­rusan dan Program Studi baru, serta melakukan pe­nyempurnaan ku­rikulum dan me­lakukan reformasi dalam berbagai aspek.

Pada tahun 2012 STAIN Purwokerto membuka Pascasarjana Strata 2 (S-2) yaitu Program Studi Hukum Ekonomi Syari`ah (HES) dan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 164 Tahun 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Prodi, STAIN membuka program studi untuk Strata I (S.I) yaitu program studi Pendidikan Guru Raudhatul Athfal (PGRA) dan Manajemen Dakwah (MD).

Pada tahun 2014, status STAIN Purwokerto berubah dari SEKOLAH TINGGI menjadi INSTITUT. Perubahan status ini ditetapkan melalui Peraturan Presiden Nomor 139 tahun 2014. Seiring dengan alih status menjadi IAIN, terjadi penambahan 10 (sepuluh) program studi strata satu (S-1) baru berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 547 Tahun 2015 dan 6 program studi jenjang pascasarjana strata dua (S-2). IAIN Purwokerto mengelola 21 prodi S-1, 6 prodi S-2, dan 1 program Doktor (S-3) Studi Islam Interdisipliner. 

Lalu pada tahun 2021, status IAIN Purwokerto juga berubah dari INSTITUT menjadi UNIVERSITAS. Perubahan status ini ditetapkan melalui Peraturan Presiden Nomor 41 tahun 2021 tentang Perubahan IAIN Purwokerto menjadi UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri pada tanggal 11 Mei 2021.